HBV-DNA 、 HCV-RNA 等是病毒的核心成分，是病毒复制及有传染性的标志，是病毒感染的最直接、特异和灵敏指标。急性乙肝时， HBV-DNA 阳性超过 8 周可变慢性。
在慢性感染时 HBV-DNA 可事例到肝细胞 DNA 中，称为整合型 HBV-DNA ，如 HBV 病毒基因已整合至宿主基因，治疗药物则难以到达，这是 HBV 不易从体内清除的重要原因之一。采用荧光定量 PCR 法检测病毒基因，既可以定性，又可以定量，其临床应用价格有：
( 1 )病情评估：
肝炎病毒在肝细胞内大量复制是导致肝细胞免疫损伤的启动因素。血清 HBV-DNA 或 HCV-RNA 含量高低与肝脏病理损害程度相关， HBV-DNA 或 HCV-RNA 水平越高，肝组织炎症反应越重。据此，通过定量检测 HBV-DNA 或 HCV-RNA 含理可以间接评估慢性肝炎患者肝脏损伤的情况。
( 2 )疗效观察：
用抗病毒药物治疗慢性病毒性肝炎，治疗前病毒基因水平愈高，疗效越差;水平愈低，清除病毒可能性越大。相应地，在治疗过程中，病毒基因水平下降愈快，完全治愈的机会越大。因此可将肝炎病毒基因检测作为预测和观察抗病毒疗效的一种手段。
(3) 预后判断：
1、治疗或未经治疗的慢性病毒性肝炎，病毒基因水平保持稳定高浓度者预后不良;
2、垂直传播途径感染肝炎病毒者，病毒基因含量高，对各种抗病毒治疗的反应低，预后差;
3、病程中，尽管反映肝细胞损害的其它指标正常，但病毒基因水平经常波动者易发展为肝硬化。
( 4 )药效验证：
任何一种抗病毒药物，用肝功能或肝炎病毒免疫标志物来评价其疗效，均不够敏感和及时，若以荧光定量 PCR 法，检测病毒复制的被抑制程度，即病毒基因水平的高低来评价疗效，则较为理想。
