低骨量或骨痛、骨折等症状不仅见于骨质疏松症，还可见于佝偻病/骨软化症等其他代谢性骨病，需要通过相关检查进行鉴别。骨质疏松症也可由多种病因所致。在诊断原发性骨质疏松症之前，一定要重视排除其他影响骨代谢的疾病或药物(即继发性骨质疏松症)，以免发生漏诊或误诊。
需要鉴别的疾病包括：
1、内分泌疾病皮质醇增多症，性腺功能低减，甲状旁腺功能亢进症，甲状腺功能亢进症，1型糖尿病等。
2、风湿性疾病类风湿性关节炎，系统性红斑狼疮，强直性脊柱炎，血清阴性脊柱关节病等。
3、恶性肿瘤和血液系统疾病多发性骨髓瘤，白血病，肿瘤骨转移等。
4、药物长期超生理剂量糖皮质激素，甲状腺激素过量，抗癫痫药物，锂、铝中毒，细胞毒或免疫抑制剂(环孢A、他克莫司)，肝素，引起性腺功能低下的药物(芳香化酶抑制剂、促性腺激素释放激素类似物)，质子泵抑制剂，抗乙肝病毒药阿德福韦酯等。
5、胃肠疾病慢性肝病(尤其是原发性胆汁性肝硬化)，炎性肠病(尤其是克罗恩病)，胃大部切除术，胃肠吸收不良性疾病等。
6、肾脏疾病各种病因导致肾功能不全或衰竭。
7、遗传性疾病成骨不全，马凡氏综合症，血色病，高胱氨酸尿症，卟啉病等。
8、其他任何原因维生素D不足，酗酒，神经性厌食、营养不良，长期卧床，妊娠及哺乳，慢性阻塞性肺疾病，脑血管意外，器官移植，淀粉样变，多发性硬化，获得性免疫缺陷综合症等。
