一直以来，外科手术都是治疗重度溃疡性结肠炎的最有效方式。传统观念认为，溃疡性结肠炎的手术适应症仅局限于中毒性巨结肠，结肠穿孔，癌变等几种情况，但实际上这几个手术适应症已经是溃疡性结肠炎的晚期重度并发症，手术效果不好，而且很多病人出现此类并发症时多数已经伴发全身脏器衰竭，已无法耐受手术，最后只能放弃治疗。
所以，越来越多的国内外学者建议扩大溃疡性结肠炎的手术适应症，对于诊断明确，经严格内科治疗无效或效果不显著的病人，以及激素治疗副作用明显的病人建议直接采取手术治疗方案，2014年美国消化疾病周的资料显示溃疡性结肠炎外科手术的总体有效率超过95％。
溃疡性结肠炎的外科治疗包含5个基本术式：
1、直肠结肠切除及传统的回肠造口术。
2、保留直肠的全结肠切除术或次全结肠切除术，回肠直肠吻合。
3、全结肠切除并回肠肛管吻合。
4、结肠直肠切除及带储袋的回肠造口术。
5、全直肠结肠切除，回肠储袋肛管吻合。
具体术式的选择要根据具体情况具体分析，比如，全结肠切除，回肠造口适合病人营养状态差，或长期使用激素，愈合能力差的急诊手术病人;保留部分直肠吻合的手术方式有残留直肠继续病变的风险，而且回肠与直肠直接吻合，术后便次多，生活质量差;而全结肠直肠切除;
回肠贮袋-肛管吻合的IPAA手术目前被公认是溃疡性结肠炎最理想的手术方式，这种手术切除了全部病变的结肠和直肠，避免了结肠穿孔，癌变的严重并发症，及长期药物治疗的严重副作用，并利用回肠贮袋与肛管吻合，最大程度减少术后腹泻的发生，在治愈疾病的同时，最大限度的提高病人生活质量，为广大溃疡性结肠炎患者带来治愈的希望。
