蚌埠市传染病医院始建于1953年，是省内建院最早、规模最大的市级传染病专科医院，在皖北乃至整个淮海经济区治疗35种国家法定传染病专科医院中，占有十分重要地位。医院设有肝科、肺科、急性传染病科、皮肤、性病科，同时，蚌埠市还将结核病防治所、皮肤性病诊疗中心、中西医结合肝病研究所、肝硬化研究所设在该院，使科研和临床治疗紧密地结合在一起。
蚌埠市传染病医院现有高级技术人员14名，中级技术人员54名，在读研究生2 名，在诊治各型肝炎、肝硬化、肺结核 、流脑、乙脑、狂犬病、伤寒、各种性病和疑难传染病，特别是在治疗重症肝炎、肝硬化、小儿肝炎、难治性肺结核、性病等方面有独特疗法，肝炎、肺结核治愈率、危重病人抢救成功率达到国内先进水平。
96年以来，医院先后选派20多名优秀中青年医务人员赴北京解放军302医院、上海瑞金医院、上海皮肤性病研究所、浙医大附院、安医附院等省、部级医疗单位进修学习，同时，投入数百万元购置了全自动生化分析仪、血液透析仪、腹水超滤机等检测和治疗设备。开展了肝硬化的药物研究、乙肝抗病毒组合药物临床对照研究、脂肪肝降脂方剂遴选应用以及人工肝支